Le sanctuaire dédié à la Madonna de Margana, patronne de l’île, se trouve dans la contrada du même nom. L’édifice actuel, construit autour de 1700 sur un sanctuaire plus ancien, conserve les caractéristiques du modèle classique d’église rurale : nef unique, voûtes en berceau, toit à deux versants.
Au fil du temps, il a subi plusieurs modifications, notamment à la façade principale et au parvis. Les fresques intérieures, réalisées par un prêtre grec en exil, ont été recouvertes, et le clocher a été remplacé. Le sol a également été refait en 1966 ; sous celui-ci subsistent des sépultures datant du début des années 1800 ainsi qu’une crypte souterraine aujourd’hui fermée.
Le tableau de la Vierge est d’une valeur inestimable et aurait été peint en 857. Selon la légende, cette œuvre d’origine probablement byzantine proviendrait d’Orient, transportée par un voilier. Chargée sur le dos d’un âne, l’animal se serait arrêté à l’endroit où fut ensuite construite l’église, indiquant ainsi l’emplacement du tableau.